Vampire Knight & Vampire Knight Guilty

Primera temporada
La historia comienza junto al primer recuerdo de Yüki, en el que se halla perdida durante una tormenta de nieve. Es atacada por un vampiro fuera de control, situación de la que es rescatada por otro vampiro, Kuran Kaname. Kaname, la lleva junto a Cross Kaien, que se convierte en su padre adoptivo, y más adelante, en el director de la Academia Privada Cross. Esa escuela tiene un sistema de clases nocturnas y diurnas, pero poca gente sabe que esa escuela de élite oculta un secreto: los alumnos de la Clase Nocturna son en realidad vampiros. El director y Kuran Kaname creen que es posible una convivencia pacífica de humanos y vampiros.
Zero, un chico procedente de una familia de cazadores de vampiros cuyos padres fueron asesinados por la vampiresa del eterno florecer, y de ello ya han pasado cuatro años, son los únicos de la Clase Diurna que conocen el secreto y se ocupan de mantener el orden en la Academia. Zero odia a los vampiros más que a nada en el mundo por tanto está en contra del pacifismo del director y odia bastante a Kaname por ser de la misma clase que esa mujer, pero a su vez también oculta un gran secreto que lo tortura día a día.
A pesar de su profundo amor hacia Kuran Kaname, Yūki no es capaz de aceptarlo completamente ya que una parte de ella siempre ha amado a Zero, la persona que a vivido junto a ella estos últimos cuatro años, pero quien no desea mostrar su naturaleza verdadera por temor a dañarla. A través de la historia se van revelando los profundos lazos que Yūki tiene hacia Zero y se da a conocer que no importa lo que pase ella, prefiere sacrificar su vida antes de verlo morir a él, por ello acepta gustosa en ayudarlo y no teme acercársele aun sabiendo que Kaname se disgusta y enfurece.

Segunda temporada
El secreto que Zero oculta a todo mundo es que él es un vampiro nivel "E", pero una vez se descontrolo y mordió a Yuki, esta lo protege de Kaname y éste le perdona la vida aún sabiendo de que Yuki estaría por siempre ligado a él por el "beso de sangre", así que Kaname le perdona la vida porque acordaron proteger a Yuki de cualquier cosa sin importar lo que pase, pero al final de "Vampire Knight Guilty" se revela un gran secreto, en el cual Yuki es la principal protagonista de tal, dando asi que Zero se entera de este secreto, prometiendole a Yuki que si la volvia a ver la mataria, entonces Yuki, le jura a Zero que seguira escapando para que el tena una razon de existencia.